El contrato de gestión contiene los compromisos que asume la agencia para desarrollar las políticas que les corresponde, además de definir los objetivos, los planes para lograrlos y los recursos previstos para ello. Agapa elaborará anualmente un plan de acción con indicadores de gestión que permitan evaluar los resultados obtenidos.
La actividad prevista integra doce áreas de actuación: gestión de subvenciones y ayudas; inspección, vigilancia y control; laboratorios; gestión de explotaciones agrarias; servicios pesqueros y acuícolas; regadíos e infraestructuras rurales y pesqueras; formación; análisis, prospectiva y transferencia de tecnología; sistemas y tecnologías de la información; calidad y promoción agroalimentaria; desarrollo territorial, y relaciones internacionales y cooperación.
Además de este trabajo, Agapa presta también apoyo técnico a la gestión de la propia Consejería y de otros organismos públicos de la Administración autonómica. El ente instrumental se creó en abril de 2011 y actualmente cuenta con una plantilla de 2.719 trabajadores, entre funcionarios y personal laboral. Entre otros servicios, gestiona las 59 oficinas comarcales agrarias de la comunidad; el Instituto Europeo de Alimentación Mediterránea; el Complejo Agroalimentario Hacienda de Quinto, situado en Dos Hermanas (Sevilla) y una red de laboratorios integrada por seis agroalimentarios, ocho de producción y sanidad animal, cuatro de vegetal y uno de recursos pesqueros.
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